1月8日24时，天津市疾病预防控制中心完成当天最早确诊的2例新增本土病例的新冠病*全基因组测序。经分析比对，并经中国疾控中心确认，该病*均属于VOC/Omicron变异株（BA.1进化分支），属于同一传播链。截至目前，天津、河南安阳正在迎战奥密克戎，该变异*株也首次被发现在国内进行跨省传播。
中国疾控中心流行病学首席专家吴尊友第一时间表示，奥密克戎症状较轻，发现更难，更易传播对于群体防范是一大挑战，同时奥密克戎使得疫苗效果折扣比其他的变异*株更大，所以特别需要打加强针。
奥密克戎正在一些国家逐渐取代德尔塔成为主导新冠病*株，这距离其首次在南非被检测出近2个月。近日，顶级学术期刊《自然》（Nature）以“加快评审文章”(AcceleratedArticlePreview)的形式在线发表了一篇论文，南非柳叶刀实验室、博茨瓦纳-哈佛艾滋病研究所伙伴关系等49家科研机构和单位的研究团队，描述了新冠病*变异株奥密克戎在南非被鉴定的经过以及早期的快速传播。该团队正是首次报告发现奥密克戎的团队。
论文中提到，截至年12月16日，87个国家在南非返回的旅客样本中或在社区例行检测的样本中发现了奥密克戎。而截至年初，奥密克戎已经在多个国家被发现，GISAID数据库现已公开了超过10万例基因组。研究团队强调，奥密克戎的出现和迅速传播对世界构成威胁，在非洲尤其构成威胁。在非洲，只有不到1/10的人接受了全面疫苗接种。全球必须密切监测奥密克戎的传播，疫情防控的同时也更好地了解其传播性和这种变异体逃逸感染后和疫苗引起的免疫的能力。
奥密克戎主导南非第四波疫情
论文首先回顾提到，在此前的疫情期间，新冠病*的阿尔法、贝塔和伽玛变异体在全球传播，并导致许多不同国家的疫情卷土重来，但随后大多数区域被具有更高传染性的德尔塔*株取代并主导。在传播过程中，德尔塔变异体进化成多个分支，其中一些分支在某些地方显示出具有生长优势的迹象，这促使人们猜测，下一个推动疫情卷土重来的变异体可能来自德尔塔。
至于南部非洲，年10月原本看到了疫情逐渐消退的趋势。研究团队指出，尽管德尔塔在北半球继续表现出高传播水平，但南部非洲的大流行正在逐渐好转。
然而，从年11月中旬开始，南非经济中心豪登省的COVID-19病例迅速增加。具体来说，病例数和检测阳性率的上升首先在豪登省北部城市茨瓦内（比勒陀利亚）发现。研究人员指出，病例的增加伴随着赛默飞世尔TaqPath检测试剂盒中S基因靶基因失效（SGTF）频率的增加。
年11月19日，研究团队对年11月14日至16日收集的一批8个S基因靶基因失效样本的测序结果表明，所有样本都属于SARS-CoV-2的一个新的谱系。进一步的快速测序在豪登省多个地点的32个常规诊断样本中发现了29个相同的变异，这表明到年11月的第二周，这种新的变异体已经广泛传播。
至关重要的是，彼时新冠报告病例数也开始急剧增加。论文写道，在接下来的4天里，经过测序发现，南非东部的夸祖卢-纳塔尔省和西南端的西开普省均被证实有该新变异体的传播。
与此同时，在博茨瓦纳的哈博罗内（距离茨瓦内千米），从年11月11日收集的样本中产生的4个基因组也显示出不寻常的突变。作为每周监测的一部分，这些基因组于年11月17日至18日进行了测序。这些病*于年11月22日被报告给博茨瓦纳卫生与福利部。
这些序列于年11月23日上传至GISAID，很明显，它们属于一个新的谱系。在同一周内，在博茨瓦纳的其他地方又发现了15例基因组确诊病例(与前4例没有流行病学联系)。这些人或有南非旅游史，或是和有旅游史的人有接触。
年11月24日，来自南非和博茨瓦纳的这些SARS-CoV-2基因组被指定为属于一个新的PANGO谱系(B.1.1.)，随后又被分为BA.1(主支)、BA.2和BA.3亚谱系。年11月26日，世卫组织根据SARS-CoV-2病*进化技术咨询小组的建议，将其定义为第五种“关切变异株”（variantofconcern,VOC），取名希腊字母Omicron（奥密克戎）变异株。
研究团队提到，从发现到年12月的第一周，奥密克戎在南非和博茨瓦纳造成的病例迅速和持续增加。在豪登省，每周检测阳性率从年10月31日开始那一周的小于1%，到年11月21日开始那一周的16%，再到11月28日开始那一周的35%，与此同时，COVID-19发病率呈指数上升。到年12月9日，每日病例数超过2.2万例，这是前一波感染高峰的84%。
同时,在南非的所有省份中，TaqPath检测试剂盒中S基因靶基因失效（SGTF）的比例迅速增加，到年11月21日开始那一周达到了全国的近90%，强烈表明奥密克戎主导了南非的第四波疫情。同样，博茨瓦纳的病例也急剧增加，在年11月底至12月初期间，每2-3天翻一番。
奥密克戎变异株检测发现。奥密克戎起源地并不一定是豪登省为了确定Omicron可能起源于何时何地，研究团队分析了从GISAID(访问日期为年12月7日)检索到的所有例可用奥密克戎基因组(包括来自南部非洲的例和世界其他地区的例)。
初步的最大似然系统发育分析表明，BA.1/Omicron序列是一个植根于B.1.1谱系(Nextstrainclade20B)的单系进化支，尚无没有明确的基础祖先。重要的是，BA.1/Omicron聚类与任何已知的“关切变异株”（VOC）或“感兴趣变异株”(VOI)以及任何其他已知在南部非洲流行的谱系(例如C.1.2)具有高度的系统发育差异。而另外两个相关谱系BA.2和BA.3，都具有BA.1/Omicron的许多(但不是全部)特征突变，并且都有自己的许多独特突变。
论文中提到，虽然BA.2和BA.3在进化上与BA.1联系在一起，因为它们都是从同一个B.1.1节点分支出来的，没有明显的祖先，但这三个亚谱系沿着独立的分支相互独立地进化。
对来自南部非洲的所有BA.1的基因组进行时间校准贝叶斯系统发育分析(截至年12月11日，n=)估计，BA.1谱系序列的最近共同祖先(TMRCA)发生在年10月9日[95%最大后验密度(HPD)9月30日-10月20日]，每天的指数增长率为0.(95%HPD0.-0.)，反映出的倍增时间为5.1天(95%HPD4.0-7.0)。
研究团队还通过一种系统动力学模型分析，年11月初至12月初，从南非和博茨瓦纳获得的BA.1基因组（n=）的倍增时间为3.9(95%HPD3.5-4.3)天，有效再生数(Re)为2.79(95%HPD2.60-2.97)，有效再生数指在任何时间点，一名个体在部分易感的人群中平均能传染的人数。
研究团队分析还表明，从年10月末至11月末，BA.1/Omicron从南非的豪登省蔓延至南非其余8个省中的7个省，还扩散到了博茨瓦纳的两个地区。而后续更多的证据也显示南非各省内部和其他省份之间的传播。
然而，论文强调，这并不意味着奥密克戎起源于豪登省，随着其他地区基因组数据的进一步积累，这些系统地理推断可能会发生变化。
中国疾控中心在年11月29日发布的一篇热点